1989（平成元）年3月25日に開港130周年を記念して「横浜マリタイムミュージアム」としてオープンし、2009（平成21）年4月には、現在の「横浜みなと博物館」に改称しています。
横浜みなと博物館は、「歴史と暮らしのなかの横浜港」を展示のテーマとしており、1859 （安政６）年の横浜港・開港以来150年以上にわたる歴史や横浜港の仕組みと役割を楽しみながら学ぶことができる施設で、海や船に関する企画展も開催しています。
2022（令和4）年6月28日には、開港の歴史を模型と映像で演出した展示、港をダイナミックに体感できるVR（バーチャルリアリティー）シアター「みなとカプセル」が導入されるなど、体験型コンテンツも充実され、リニューアルオープンしています。
2018(平成30)年3月27日にオープンしたアンクルトリスの広告デザインや船の絵で知られる柳原良平氏（1931～2015年）の常設展示室「柳原良平アートミュージアム」が併設されています。
また、博物館や「訓練センター（会議室）」がある建物は、 旧横浜船渠第1号ドックに係留されている「帆船日本丸」の眺望を確保するため、半地下形式となっています。

※2022年6月28日(火) リニューアルオープン